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Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf folgende
URN: urn:nbn:de:bsz:25-opus-66523
URL: http://www.freidok.uni-freiburg.de/volltexte/6652/


Altevogt, Dominik

Feasibility study for a new assay for NF-kappaB and DNA-supported catalysis

Machbarkeitsstudien für ein neues Nachweisverfahren für NF-kappaB und DNA vermittelte Katalyse

Dokument1.pdf (13.630 KB) (md5sum: ece8e8e0cef7bb537da59b1db8865489)

Kurzfassung in Englisch

Modified DNA building blocks for oligonucleotide synthesis by the phosphoramidite technique on solid support are becoming increasingly popular and the number of versatile applications is growing rapidly. Herein we report new trends, as well as general strategies for the introduction of such building blocks into synthetic DNA. The synthesis and application of DNA building blocks is demonstrated on the basis of two research projects. The first project is a feasibility study for a new concept to detect DNA binding protein NF-kappaB based on a DNA triple helix formation in combination with a fluorescence resonance energy transfer (FRET). The new principle avoids expensive antibodies and radioactivity and might have implications for assays of other DNA binding proteins.
In the second project we demonstrate the efficient chemical synthesis of double-stranded DNA in which one natural base is replaced by the chelator 2-(2-pyridyl)-benzimidazole. The pertinent Cu2+-complex led to high conversions during Diels-Alder reactions of azachalcones with cyclopentadiene. Enantioselectivities of up to 35 % ee were observed in the endo product, which was caused by the induction of the double-stranded DNA.


Kurzfassung in Deutsch

Modifizierte DNA Bausteine für die Synthese von Oligonucleotiden an der Festphase mit Hilfe der Phosphoramidit Methode finden eine immer breiter werdende Anwendung. In der vorgelegten Arbeit werden aktuelle Trends, sowie allgemeine Strategien zum Einbau solcher Bausteine in synthetische DNA vorgestellt. Ihre Synthese und Anwendung wird dann im Speziellen anhand von zwei Forschungsprojekten meiner Promotion aufgezeigt:
Das erste Projekt befasste sich mit der Entwicklung eines neuartigen Assays zur Detektion des DNA bindenden Proteins NF-kappaB. Das hierfür etablierte neue Nachweisverfahren beruht auf einem Fluoreszenz Resonanz Energie Transfer (FRET) in Kombination mit der Formation einer DNA Tripelhelix.
Im zweiten Forschungsprojekt stand die Synthese von modifizierten DNA Bausteinen mit bidentaten Liganden im Mittelpunkt. Diese wurden verwendet um in synthetischer doppelsträngiger DNA eine natürliche Base mit einem Chelator auszutauschen. Die entsprechenden Cu2+ Komplexe wurden dann als Katalysator in der DNA unterstützen Katalyse eingesetzt. In Diels-Alder Reaktionen von Azachalconen mit Cyclopentadien führten diese Katalysatoren zu hohen Umsätzen. Die dabei beobachtete Enantioselectivität von bis zu 35 % ee konnte eindeutig auf eine Induktion durch die doppelhelicale Struktur der DNA zurückgeführt werden.


SWD-Schlagwörter: DNS , Katalyse , Transkriptionsfaktor , EMSA , Diels-Alder-Reaktion
Freie Schlagwörter (deutsch): Phosphoramidit
Freie Schlagwörter (englisch): DNA , catalysis , transcriptionfactor , Diels-Alder-Reaction, Phosphoramidite
Institut: Institut für Organische Chemie und Biochemie
Fakultät: Fakultät für Chemie, Pharmazie und Geowissenschaften
DDC-Sachgruppe: Chemie
Dokumentart: Dissertation
Erstgutachter: Bannwarth, Willi (Prof. Dr.)
Sprache: Englisch
Tag der mündlichen Prüfung: 25.06.2009
Erstellungsjahr: 2009
Publikationsdatum: 10.07.2009
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